A公司拥有某项专利权，B公司欲与A公司签订专利权许可使用协议，许可B公司有偿使用A公司的专利，许可使用费为1000万元，专利许可期限为10年。但是B公司发现A公司的该专利权存在权利负担，三年前A公司曾以债权融资的形式向X公司贷款3000万元，约定五年内还清，并签订了《专利权质押协议》，协议约定以该专利权作为质押，在A公司无法履行到期债务时X公司就该专利享有优先受偿权；后A公司与X公司又以“谅解备忘录”的形式确定，当双方的债务少于或等于1000万元时，X公司放弃就该专利权的担保权益。A公司告知B公司至今A公司仍有2500万元未还清，此时据债务到期还有两年时间。

基于该专利权被质押的事实，B公司在将来的专利权许可实施过程中可能会面临一定的风险。如果A公司未来两年未能偿还X公司剩余2500万元的债务，X公司实现质权时，该专利权可能面临被拍卖、变卖的后果。而此时B公司的十年专利许可期限可能仅仅过去了一至两年。专利的所有权变更后，B公司在剩余的许可期限内继续实施该专利权是否会受影响，

根据《技术合同司法解释》第二十四条第二款的规定，“让与人与受让人订立的专利权、专利申请权转让合同，不影响在合同成立前让与人与他人订立的相关专利实施许可合同或者技术秘密转让合同的效力。”原则上，质权人实现质权后由新的受让人取得专利权，因许可使用合同是于专利转让前生效，该转让行为并不影响在先签订的许可合同的效力，被许可人有权在许可期间内继续实施专利。但是，在实际情况中，由于剩余的许可期限还很长，B公司继续实施专利是否会受到新的受让人的阻碍，以及B公司明知该专利权存在权利负担依旧与A公司签订许可协议是否有一定的过错责任而被限制继续实施专利，该专利在将来实施中的不确定性依旧很大。上述情况下， B公司应当采取何种方式最大限度地降低其未来可能遭受的风险？下文将进行深入分析。

其一，根据《物权法》第二百二十七条的规定，“知识产权中的财产权出质后，出质人不得转让或者许可他人使用，但经出质人与质权人协商同意的除外。”因此，建议A公司的专利许可实施行为经过质权人X公司的同意，从而最大程度的保证将来A公司与B公司签订的“专利许可协议”的有效性。否则，该“专利许可协议”的效力可能会存在瑕疵，导致双方的专利许可实施权利存在不确定性。

其二，根据我国《专利权质押登记办法》第十六条第一款规定，“专利权质押期间，出质人未提交质权人同意转让或许可实施该专利权的证明材料的，国家知识产权局不予办理专利权转让登记手续或者专利实施合同备案手续。”如果没有经过X公司同意的话，B公司也无法在知识产权局办理专利许可备案，当然也无法享受到备案后产生的权利保障。

其三，根据A公司与X公司在谅解备忘录中的约定，当双方的债务少于或等于1000万元时，X公司放弃就该专利权的担保权益，A公司未归还的债务还有2500万元。根据《物权法》第二百二十七条的规定，出质人转让或者许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得的价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存。因此，建议B公司要求A公司将向其支付的1000万元的许可使用费优先偿还X公司的欠款，从而减少债务金额，在最大程度上降低A公司未能如期还款而由X公司处置专利权实现质权的可能。

其四，建议B公司与A公司、X公司对《专利权质押协议》中的条款重新协商，并将其作为B公司与A公司签署许可协议的前提条件。协商内容可以做如下约定：

1、如果A公司存在违约行为，在司法实践中X公司作为质权人在实现质权的过程时通过司法拍卖或司法调解等方式取得专利所有权的可能性比较大。鉴于此，B公司出于履行专利许可协议的目的，可以在协议中约定，在X公司取得所有权后将允许B公司继续使用该专利。

2、在协议中约定，一旦A公司存在较大可能的违约风险时，B公司有权以三方认可的价格对该专利拥有优先购买权，并将该价款提前偿还X公司的债务，以保证B公司能够继续使用该专利，从而实现三方利益的最大化。

最后，在双方签订许可协议后，合同依据双方的约定即生效，但是建议B公司在国家知识产权局对许可协议进行备案，经备案的专利许可协议具有公示的效果，可以对抗善意第三人、也可以在权利受到侵犯时作为申请诉前禁令的证据，备案可以为B公司在将来的专利实施中避免一定的风险。

上述案例及其解决方案的启示在于：在法律风险无法完全消除的前提下，应当尽量将其控制在数量较少的交易主体之间，通过法律关系的精简化实现交易成本和博弈成本的降低，进而降低因交易主体过多和由此引发的不可控因素对交易安全产生的不利影响。由此可见，在交易主体和法律关系较为复杂的商事合同行为中，法律规范和法律思维仅仅是作为交易的基本框架和底线，商业风险意识和交易模式的创新则决定了该笔交易在风险控制质量方面的上限。